県南医療圏の2次救急医療機関として地域医療の受け皿となり、難治白内障症例をはじめ幅広い眼疾患について紹介患者を受け入れています。また、通常大学病院で担うメディカルレチナ（網膜）領域の疾患（加齢黄斑変性、病的近視など）を当院が中心となって長崎県下の黄斑疾患の病診連携を図っています。

2次救急医療機関として、網膜動静脈閉塞性疾患、緑内障発作、難治性白内障手術など、地域で求められる医療を提供します。
今後、高齢化により、加齢黄斑変性などメディカルレチナ領域の抗VEGF療法の治療が増加しているため、適切かつ効率的に治療が行われるよう、病診連携をより密に図ります。
さらに教育内容をより充実させ、優秀な人材育成に努めます。